En el año de 1998 los Superiores de la Provincia de México de los Misioneros del Espíritu Santo, deciden constituir un centro dedicado a la formación y capacitación de agentes de pastoral, para poder colaborar en la tarea evangelizadora de la Iglesia en la ciudad de México. El centro se constituyó oficialmente el día 8 de Diciembre de 1998 con el nombre Centro Félix de Jesús  (CEFEJ).

Su objetivo quedó definido de la siguiente manera: Es un centro que busca colaborar en la tarea evangelizadora de la Iglesia para formación y capacitación de agentes de pastoral, aportando el carisma propio de los Misioneros del Espíritu Santo, bajo la inspiración de la figura del P. Félix de Jesús.

Su sede se estableció en la calle de  Moneda 85 A en Tlalpan, México D.F.

El centro quedó integrado desde su origen por 5 instituciones:

Instituto de Pastoral Bíblica  (IPB)
Busca mediante una enseñanza sistemática de la Sagrada Escritura formar ministros de la palabra de Dios, capaces de ofrecer al pueblo de Dios el alimento de la Sagrada Escritura, que alumbre el entendimiento, confirme la voluntad y encienda el corazón en amor a Dios (DV23)

Instituto de Formación Integral en la Fe (IFIF)
Busca ofrecer una formación integral en la fe, que favorezca la unidad de vida de los fieles laicos como miembros de la Iglesia y ciudadanos de la sociedad y los capacite para dar testimonio del Evangelio en el mundo.

Centro de Investigación y Entrenamiento en Pastoral (CIEP)
Tiene como objetivo el capacitar agentes de pastoral mediante un aprendizaje interdisciplinar y vivencial, para que respondan a las necesidades urgentes de la Iglesia en el mundo actual.

Fundación Rougier (FR)
Es una casa dedicada a la atención profesional de sacerdotes y religiosos aquejados por problemas de tipo adictivo, emocional  o psicológico.

Biblioteca Félix de Jesús (BFJ)
Tiene por objetivo preservar e incrementar el patrimonio cultural de la Congregación de los Misioneros del Espíritu Santo y del Centro Félix de Jesús.

El Instituto Pastoral Matrimonial (IPM)